El rendimiento de los sistemas acuapónicos, transcurrida la fase de estabilización (de 4 a 6 semanas), es superior a los sistemas exclusivamente hidropónicos y muy superior al cultivo tradicional en sustrato o suelos.

VENTAJAS

1. Una vez estabilizado, tiene rendimiento superior al cultivo hidropónico y al que proporciona la agricultura tradicional.
2. No hay contaminación residual y el consumo de agua, comparado con otros tipos de agricultura es mínimo gracias al sistema de recirculación. Sólo hay que reponer el que se pierde por evaporación.
3. No son necesarias soluciones nutritivas como en hidroponía o carísimos fertilizantes como en la agricultura convencional. Dependiendo de la composición del agua de la zona, sólo hay que añadir algunos oligoelementos (hierro, calcio y potasio) ya que el sistema no lo genera de forma autónoma en cantidades suficientes.
4. Los peces producidos son más saludables que los que se crían en la acuicultura típica y el volumen de producción es superior. No es necesario tratar los residuos de los peces como en otros procedimientos de acuicultura ni son expulsados al mar o a cursos de agua dulce evitando así la eutrofización (exceso de materia orgánica en el medio).
5. En un mismo espacio se producen verduras y peces de calidad óptima.
6. Gran resistencia a plagas y enfermedades que además pueden ser tratados mediante el manejo integrado y sin uso de pesticidas.